- Phòng Hệ thống thông tin
- Phòng Kế hoạch - Tài Chính
- Phòng Khoa học, Công nghệ và An toàn thông tin
- Phòng Pháp chế và Quản lý hoạt động công nghệ thông tin
- Văn phòng
- Chi cục Công nghệ thông tin và Dữ liệu tài nguyên môi trường phía Nam (trụ sở tại thành phố Hồ Chí Minh).